肥料的施用首要包括氮、磷、鉀復合肥、有機肥和微肥。鑒于這些肥料的使用，不同的土壤環境需求制定不同的上肥計劃，這就要求人們放棄基于經驗的傳統上肥方法。選用先進的土壤檢測配方技能，引入土壤分析儀等土壤檢測儀器，展開土壤檢測工作。
科學研究表明，不同生育期有機蔬菜對土壤氮、磷、鉀及微量元素的施用量不同。假如氮肥施用過少，可能會引起病蟲害，也可能會導致土壤養分供應缺乏。因而，在有機蔬菜的整個成長周期中，檢測土壤中的養分很有必要。目前，土壤分析儀能夠準確檢測土壤中的氮、磷、鉀、微量元素和pH值等目標，逐步擴展了對土壤養分的檢測規模。
長期耕耘，對磷的需求量將會增加，對氮的需求量將減少，此時，有必要增加磷鉀肥的用量，操控氮肥的施用量。假如在瓜果結果后，需要再次上肥，以后每次都需要上肥。在生育中后期應適當操控鉀肥，以促進無性運動從葉到根的同化，從而形成肉質主根。過多的氮鉀肥缺乏，會使根系變小，產值下降。
現階段，越來越多的有機蔬菜生產基地都引進了土壤分析儀，它不僅能夠有效改變傳統的農人憑仗經驗進行測土上肥的方法，防止由于上肥不均衡而導致的土壤污染問題，在加強農業生產中的各項工作的相互協作，都具有重要的積極意義。
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