隨著化肥的增加，土壤結構遭到損壞，土壤環境受到污染，土壤養分逐步失衡，問題越來越嚴重。尤其是對土壤氮、磷、鉀三元素的影響更為杰出。一般主張運用土壤分析儀進行土壤微量元素檢測，以獲得土壤中各種養分的含量參數，為施肥提供科學有力的依據。
土壤分析儀檢測結果表明，過量運用化肥導致很多銨、鉀與土壤膠體吸附的鈣、鎂等陽離子產生反應，損壞土壤結構，導致土壤板結，土壤有機質減少?；薀o法彌補有機質的缺乏，進一步影響土壤微生物的生長，不只損壞了土壤肥力結構，還降低了肥效。
土壤分析儀檢測礦物原料和化肥用化學原料含有多種重金屬元素、放射性物質等有害成分，隨著施肥進入農田土壤構成污染。近年來，土壤污染日益嚴重，影響了農產品的養分價值、耐貯性和抗逆性，從而影響了人類健康。
土壤分析儀測定長期運用氮、磷、鉀后的土壤養分，發現養分對土壤結構產生了一定的損壞力，導致土壤養分失衡，養分流失，污染加重。根據不同作物和土壤類型，平衡科學配方施肥，結合運用和養分，大力生產、供給、施用一體化的農化服務，從根本上改善土壤結構，培肥土壤，提高化肥和有機肥的吸收利用率，保持土壤肥力的長期利用。這不只能夠節約生產成本，提高作物產值，提高產品質量，還能夠維護農業生態環境，從而提高農產品質量，增加農產品數量，實現高產、穩產。
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