化肥的過量以及不合理運用會形成土壤物理性質的惡化，進而形成土壤肥力下降，土壤板結，還可使食品、飼料和飲用水中有毒成分增加，對人畜健康形成潛在危害。
要避免過量施肥，因為過量施肥容易形成土壤污染，土壤酸堿化及板結化嚴峻。重金屬是土壤污染的物質之一，很多運用化肥會使得重金屬進入土壤后不能完全降解，一部分殘留在土壤或作物中，經過食物鏈不斷在生物體內富集，在人體內堆集，威脅人體健康安全。此外施肥時應留意施肥的次數，若施肥次數過多很容易直接形成過量施肥。
還應留意施肥的時間，不同的作物在不同的生長階段需要的營養含量不同，所以在進行施肥工作前，需要對土壤有一定的了解，然后依據作物的實際需要合理的施用化肥，這樣既能減少施肥成本，還能維持土壤營養平衡，完成優良出產。
土壤自身缺乏的元素可以經過施肥來達到作物需求的水平，關于土壤中含有適合的養分，適當彌補作物吸收帶走的養分，關于土壤儲量豐富的養分，暫不進行施肥，經過科學的施肥管理，提高利用率，確保土壤各營養元素均衡合理，培養健康肥沃的耕地。
